وتم إنشاء المستشفى بتاريخ 30 نوفمبر 1989 بعد زيارة الرئيس فيديل كاسترو لأطباء العناية المركزة الذين طلبوا إنشاء مستشفى جديد وكان اسمه "قصر الأطفال".

وقد عملت مكانة ومعرفة المهنيين العاملين فيها على تمكين هذه المستشفى من تلقي العديد من الجوائز الوطنية والدولية.

أصبحت هذه المؤسسة مركز الإحالة الوطني والمحلي المعتمد لتخصصات الإصابات المتعددة وطب الأعصاب وجراحة المخ والأعصاب وأمراض الرئة والتليف الكيسي والحروق وأمراض الجهاز الهضمي وعلم الأحياء الدقيقة وعلم الأورام وعلاج فيروس نقص المناعة البشرية ومرضي الإيدز.

يشارك هذا المركز التعليمي في تدريب الطلاب قبل وبعد الحصول على درجة البكالوريوس والحاصلين على بكالوريوس التمريضوالممرضين الأساسيين والتمريض ما بعد الأساسي والفنيين الصحيين وحاملي بكالوريوس التكنولوجيا الصحية ويعتبر هذا المركز ذو جودة عالية في مختلف التخصصات السريرية وجميع الوظائف المهنية والفنية في مجال العلوم الطبية ويركز على مختلف التخصصات السريرية والجراحية.

ويشجع المستشفى على البحث العلمي والابتكار التكنولوجي في مجالات الرعاية في المستشفيات والتطوير والتحقق من صحة الفحوصات التشخيصية وبرامج تحسين التعليم التي أثبتت كفاءتها في مكان التعلم. يعمل في هذه المستشفى مجموعة كبيرة من الأستاذة.

تعتبر مستشفى خوان مانويل ماركيز التعليمي للأطفال مسؤولة عن تلبية متطلبات الرعاية الصحية المتخصصة للأطفال في البلاد حيث صنفتها الهيئات الصحية على أنها مركز للتميز في الرعاية الصحية والتدريس والبحوث.